Cầu được nhân dân góp tiền xây, nhưng ngay sau khi được khánh thành, người chủ thầu xây dựng cầu là Phạm Minh Thông bị bắt. Và sau vài lần "tạm hoãn xét xử", cuối cùng Thông bị xử tù vì tội rút ruột công trình. Ông ta khai đã dùng tiền "tham ô" được để "đi quà biếu một số cá nhân và tập thể", và đi "chúc tết" một số người nào đó, nhưng đó là những ai thì không bao giờ được làm sáng tỏ.[3][4][5][6] Tuy nhiên, dư luận lúc đó cho là một lãnh đạo cao cấp của thành phố Đà Nẵng, do một số lời khai của Thông có liên quan đến lãnh đạo Đà Nẵng.[7] Theo Đài Á Châu Tự do thì trong vụ án này, Viện kiểm sát nhân dân thành phố Đà Nẵng đã có hai công văn số 73 và 77 vào tháng 10 và 11 năm 2000 gửi Lãnh đạo Viện kiểm sát nhân dân tối cao và ông Phan Diễn (lúc đó là Bí thư Thành ủy Đà Nẵng), trong đó nói về việc ông Nguyễn Bá Thanh đã nhận hối lộ của Phạm Minh Thông 4,4 tỷ đồng trong các công trình xây dựng Cầu Sông Hàn và đường Bắc Nam ở Đà Nẵng.[8]